Nemški ovčar je živahna in močna žival. Vendar pa je ta pastir, tako kot vse druge pasme psov, dovzeten za različne bolezni. Najpogostejši pri teh živalih so motnje prebavnega trakta, očesne, ušesne in mišično-skeletne motnje.
V bolnem psu je volna dolgočasen, navaden splošni videz, depresivno stanje. Pes nenehno leži, se ne odziva na klic lastnika.
Če ima vaš nemški ovčar pogosto bolečino v trebuhu, potem morate izbrati kakovostno hrano za hišne ljubljenčke in ga ne prelagati. Z nepravilno hranjenjem, prisotnost črvov, nekaterih nalezljivih bolezni pri psu lahko povzroči gastritis. Z dolgotrajnim nenormalnim delovanjem želodca se moti delo črevesja.
Bolezni kože pri psu lahko povzročijo bakterije, glive in paraziti.
Videz srbenja v nemškem ovčarju v odsotnosti bolh je lahko simptom takšnih kožnih bolezni, kot je pioderma , subermatitis, seborrhea, furunculosis. Včasih se dermatitis lahko pojavi kot sočasna bolezen v ozadju lezij notranjih organov živali.
Nemški ovčar je nagnjen k takšni bolezni, kot je atopična alergija, ki se lahko pojavi pri mladičih v starosti enega leta. Psi imajo srbenje, praskanje in celo mokro ekcem. Pogosto v ozadju takšne alergije mladiči trpijo zaradi driske.
Mladi nemški pastirji včasih trpijo za porazom nad humerusom, skupaj s šibko ali celo hudo hromostjo. Še en resen problem nemških pastirjev - paraliza zadnje noge, ki se pogosto zgodi pri šestih ali sedemletnih moških. Prvič, pes ne želi skoči čez ovire, težko je hoditi po stopnicah. Ko se bolezen napreduje, je rep prizadet, nato pa začnejo zadnje udi, inkontinenca urina in blata. Če je bolezen neozdravljiva, potem je žival evtanizirana.
Z starostjo lahko nemški pastir ima težave s kardiovaskularnim sistemom, zato morajo psi nad 7 let za preprečevanje redno obiskati veterinarja.