Osebno življenje Michaela Fassbendera je bilo vedno precej intenzivno, vendar se zdi, da čeden še ni pripravljen, da bi se naselil in dobil ženo in otroke.
Kot je pogosto primer z delom dveh igralcev na enem setu, običajno govorijo o svojem romanu v resničnem življenju, in ne le na zaslonu. Nekateri od njih kasneje najdejo potrditev, drugi pa so zavrnjeni. Skoraj vsa potencialna ali resnična dekleta Michaela Fassbendera so njegovi partnerji v filmih.
Torej so v različnih časih govorili o romanih Michaela Fassbenderja in Natalie Portman ali Mia Wasikowske, vendar niti tisti niti drugi odnosi niso bili več profesionalni in so obstajali le v mislih senzacionalnih novinarjev.
Pravi roman je povezal Michael Fassbender in njegov partner v filmu "Ljudje X: prvi razred" Zoe Kravitz. Mladi so bili skupaj približno leto dni, kasneje pa so se razšli zaradi zasedenega urnika obeh igralcev.
Po tem, dekle Michael Fassbender je postal model in igralka Nicole Behari. Njihova romanca ni bila prav tako dolga. Do marca 2014 se je Michael Fassbender srečal z Madalino Gene, igralko in modelom, ter bivšim dekletom Gerarda Butlerja.
Takšen kratek odnos z dekleti je povzročil veliko govoric, da je Michael Fassbender gej. Vendar se sam človek sklicuje na njegov preveč resen odnos do dela. Z enim čustvenim učinkom pri snemanju filmov ne more sodelovati, pa tudi vzporedno urediti osebno življenje. Igralec se je od konca leta 2014 do septembra 2015 srečal z mlado igralko Alicijo Vicander, vendar par se je razkril spet zaradi neusklajenosti urnikov in zaposlovanja igralcev.
Zdaj pa se zdi, da so se mladi odločili za drug poskus in oživili svoj odnos. To je postalo očitno na podelitvi nagrade Oscar-2016, ko je Michael nežno poljubil Alicijo, čestitajući mu za zmago. Podatke o obnovitvi odnosov je pozneje potrdil tudi Alicin oče.