"Imam veliko hobijev in ena od njih je ljubezen", kot je nekoč znano mnogim v filmih "Fear and Loathing in Las Vegas" (1998), "21 grami" (2003), nekoč značilno za njegovo osebno življenje.
Leta 1988 se je Benicio del Toro sestala s Valerijo Golino, s katero je igral v filmih "Človek dežja" (1988), "Hotheads" (1991). Ti odnosi so bili tako resni, da bi se lahko končali s poroko, vendar se je kasneje izkazalo, da sta se oba med seboj zaljubljala, vendar sta gledali v različnih smereh. Želela je postati njegova žena in imela otroke, saj je bila glavna kariera, Benicio pa ni hotel, da bi kdo posegal v njegovo svobodo. Leta 1992 se je par razšel.
Hollywoodska zvezdnica ni dolgo žalovala - nove filmske vloge so pripomogle k pozabljanju na srce, kmalu pa so bili časopisi polni naslovov. Benicio del Toro in Scarlett Johanson sta imela spolni odnos v dvigalu med podelitvijo Oskarja. Res je ali ne, do zdaj ni jasno, vendar se je igralec od vsega začetka nasmehnil in rekel: "Mogoče je bilo to, mogoče pa ne, vendar se bo v prihodnosti ponovilo".
Claire Forlani je postala njegova naslednja deklica leta 1995, vendar je ta odnos, za razliko od prejšnjih, trajal le 12 mesecev. Potem se je slavnost srečala z Alicijo Silvestron, Chiara Mastroianni. Poleg tega je Benicio del Toro pripisoval odnose s Emily je prekleta , toda edina stvar, ki ju je združila, je delo na sliki "Volkodlak človek".
Leta 2011 je igralka, Kimberly Stewart, rodila hčerko. Trenutno je igralec zavidljiv hollywoodski bachelor.