Pod biocenozo razumemo kot sistem odnosov med organizmi, ki imajo skupno ozemlje. V mikrobnih sistemih se uporablja izraz "mikrobiocenoza".
Biocenoza vagine nastane po rojstvu deklice. V rojstvu je vagina sterilna. Po enem dnevu se pojavijo različni mikroorganizmi. V prihodnosti se vaginalna biocenoza tvori predvsem laktobacili. Pod delovanjem estrogenov, ki jih je dobila deklica od njene mame, se v vagini ustvari kisli medij. Kasneje deklica in ženska začneta razvijati lastne estrogene, ki stimulirajo obstoj kislega okolja vagine. Mikroorganizme, ki vstopajo v nožnico, hitro zavirajo laktobacili, ki živijo v najboljših razmerah zase.
Ravnovesni sistem mikrobov znotraj vagine se lahko razlikuje zaradi različnih razlogov:
Za obnovitev ravnovesja mikroflore se uporabljajo vaginalni probiotiki in vaginalna evubiotika. To so formulacije, ki vsebujejo laktobacilije. Sredstva se uporabljajo za vagine tampone ali se dajejo v obliki vaginalnih svečk.